Le Laqué bicolore

Autres noms : Laccaria bicolor - Clitocybe bicolore - Clitocybe laqué bicolore - Laccaire bicolore -

Mycologie :

Jessy Labbé, dans sa Contribution à l'étude de la structure et du polymorphisme du génome du basidiomycète ectomycorhizien "Laccaria bicolor" (Maire) Orton et identification de QTLs de mycorhization chez les peupliers, "Populus trichocarpa" Torr. & A. Gray ex Hook. et "Populus deltoides" (Bartr.) Marsh. (2009. Thèse de doctorat. Université Henri Poincaré-Nancy 1) précise :

Cycle du clitocybe laqué bicolore : Le cycle de développement de Laccaria bicolor est du même type que celui de beaucoup de basidiomycètes supérieurs, avec alternance de deux phases : la phase haploïde et la phase dicaryotique :

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Un champignon utilisé en foresterie : Les effets bénéfiques des mycorhizes sur la nutrition de leur hôte ont été mis à profit en foresterie par la mycorhization contrôlée de plants en pépinières. La production d'arbres forestiers à grande échelle se développe aux États-Unis dans les années 80 (Marx et al., 1982). Son développement est initié en Europe dans les années 90, notamment sur un conifère d'origine américaine, le Douglas (Pseudotsuga menziesii) qui est la première essence de reboisement en France (AFOCEL, 1997). Dix ans d'essais en pépinières et en plantations (Le Tacon et al., 1992) ont permis la constitution d'un Groupement d'Intérêt Économique (regroupant à l'origine 4 pépiniéristes et l'INRA) qui utilise Laccaria bicolor S238N pour l'inoculation e pépinières de plants de Douglas certifiés. L'inoculation par cette souche induit un gain de croissance important de l'hôte en pépinière puis plusieurs années après la transplantation en forêt (Le Tacon et al., 1992 ; Selosse et al., 2000).

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Laura Weiss dans sa propre Contribution à l’étude des facteurs de régulation transcriptionnelle impliqués dans la synthèse des effecteurs symbiotiques chez le champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor. Microbiologie et Parasitologie. (rapport de stage, 2015) résume les deux phases de ce cycle :

Son cycle de développement comprend 2 phases : la phase haploïde, qui comprend la germination des spores et la formation des monocaryons (hyphes haploïdes) et la phase dicaryotique pendant laquelle deux noyaux différents coexistent dans la même cellule après plasmogamie. Ce sont les dicaryons qui forment les ectomycorhizes avec les racines des plantes-hôtes (Labbé, 2009).

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Francis Martin, auteur de Sous la forêt, pour survivre il faut des alliés (Éditions humenSciences, 2019) raconte comment le Laccaire bicolore est devenu un champignon pionnier dans son domaine :

Le Laccaire bicolore : ami ou ennemi ?

Puis je quitte les sous-bois pour emprunter le chemin forestier, à la recherche d'un champignon qui fructifie le plus souvent sur les talus herbus et sablonneux en bordure de forêt, le Laccaire bicolore (Laccaria bicolor). J'en repère vite une belle colonie comportant plusieurs touffes sur le sol nu, en lisière d'une plantation d'épicéas mêlée de hêtres. Ce laccaire est facile à reconnaître avec son chapeau de trois à sept centimètres, hémisphérique devenant vite convexe, à marge très ondulée, de couleur brun-rose. Sous le chapeau, les lames sont espacées, doublées de lamelles de couleur lilas. Le pied est long, tordu, fibreux, de même couleur ou un peu plus foncé que le chapeau et, surtout, je m'assure que la base du pied est bien de couleur lilas. Pourquoi donc s'intéresser tout particulièrement à ce champignon ? C'est un comestible sans grand intérêt et il n'a pas la majesté des amanites tue-mouches ou des cèpes qui l'entourent. Pourtant Laccaria bicolor est une star parmi les mycètes : il a fait la une des journaux et sa photo est reprise par les réseaux sociaux ; c'est le premier champignon « à chapeau » et le premier champignon mycorhizien dont le génome a été séquencé. Cet humble représentant de la tribu des Agaricales mérite bien que je vous raconte comment il est devenu célèbre car, finalement, c'est moi qui l'ai poussé sous les feux de la rampe.

Il faut dire que mes étudiants ont souvent bien du mal à me croire quand je leur raconte comment ce petit champignon a acquis sa notoriété internationale. Cette histoire débute i soir de juin 2003, au bord du golfe de Botnie, au nord-est de la Suède. Une centaine de chercheurs travaillant sur la biologie et la génétique des arbres étaient rassemblés à Umeà, afin de présenter leurs derniers travaux. Après une longue journée de conférences plénières er de discussions, j'étais en train de savourer quelques gorgées de bière avec le responsable du projet de séquençage du génome du peuplier, Jerry Tuskan du laboratoire nationale d'Oak Ridge (Tennessee) Nous ébauchions la première version de ce qui allait devenir une prestigieuse publication dans la revue Science. Soudain, entre deux gorgées de bière, Jerry me demanda de façon anodine si je connaissais deux ou trois micro-organismes, associés au peuplier, dont le génome mériterait d'être séquencé. J'avais souvent imaginé entreprendre le séquençage génomique de quelques-uns de nos mycètes favoris, mais ni notre laboratoire, ni l'Inra n'avaient la capacité de mobiliser les millions d'euros nécessaire à un tel projet. Oubliant ma bière tiédie, j'argumentai alors sur l'intérêt de séquencer des champignons symbiotiques dont Laccaria bicolor que nous étudiions au laboratoire. Affaire conclue ! Suite à un intense échange de courriers électroniques avec nos collègues américains, nous déposions un projet quelques semaines plus tard et le séquençage de Laccaria bicolor était accepté et programmé pour l'année suivante, par le centre du séquençage du département de l'Énergie des États-Unis. Comme il se doit en de telles circonstances, quelques bouteilles de champagne furent sacrifiés sur l'autel de la science. L'obtention du matériel biologique, la purification de l'ADN de grande qualité et le séquençage du génome prirent beaucoup plus de temps que prévu, mais le génome du Laccaire bicolore fut publié en 2008. Bien des projets ambitieux ont ainsi vue le jour, suite à des conversations impromptues tenues dans des lieux improbables : au coin café, autour d'une bière ou dans un bus transportant des congressistes.

En mars 2010, l'article résumant notre étude du génome du Laccaria bicolor et de ses caractéristiques était publié dans la prestigieuse revue scientifique généraliste, Nature.

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Quid de notre laccaire ? Qu'avons-nous donc appris en décodant le patrimoine génétique de ce champignon symbiotique ? Pourquoi est-ce s important ? Peut-on enfin expliquer sa capacité à dialoguer avec les plantes, à établir la symbiose en parcourant son répertoire de gènes ? Qu'est-ce qui le distingue des autres types de champignons forestiers : décomposeurs de la matière organique morte ou parasites des plantes vivantes ?

L'ADN empaqueté dans chacun des noyaux de ses cellules est composé de 61 millions de nucléotides et code 19 000 protéines. Plusieurs de ces protéines sont spécifiques du laccaire et semblent jouer un rôle clé dans l'établissement de la symbiose. Une découverte surprenante est l'absence presque totales de l'arsenal d'enzymes responsables de la décomposition de bois, si abondant chez ses cousins (comme le Coprin chevelu), capables de se nourrir des détritus végétaux. Je m'attendais à ce que le laccaire ait conservé une partie de ce potentiel génétique de dégradation de la matière organique, afin de survivre dans la litière forestière entre deux séjours au sein des racines des arbres. En perdant ainsi sa capacité à dégrader la lignine et la cellulose, il était devenu totalement dépendant de sa plante hôte pour ses besoins en sucres simples et alimenter ainsi la machinerie cellulaire qui assure sa croissance. Mais, après tout, à quoi bon se fatiguer à découper la cellulose et la lignine quand vous vivez sous perfusion de glucose alimenté directement par votre hôte. J'avançai alors l'hypothèse que les champignons symbiotiques, approvisionnés par leur hôte en sucres simples, s'étaient progressivement débarrassés de leurs enzymes de dégradation de la cellulose devenues inutiles. Confortablement installés dans les racines (loin de la compétition féroce régnant dans le sol) et bien nourris, ils étaient devenus totalement dépendants de leur plante hôte. Impossible de faire machine arrière et de retrouver leur indépendance : un cul-de-sac, certes, mais un vrai succès évolutif !

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Quand un intrus attaque une plante, une molécule d'alerte, le jasmonate de méthyle, se propage de cellule en cellule pour mettre en branle les réactions de défense. Elle se combine à un interrupteur moléculaire, la protéine JAZ, entraînant sa dégradation et le déclenchement des mécanismes de défense. En présence du champignon symbiotique, la protéine MISSP7 se lie à JAZ, empe^chant sa destruction. Cette interaction MISSP7-JAZ évite le déclenchement des voies de défense normalement induites par le jasmonate de méthyle. En libérant MISSP7 au corus de sa progression dans la radicelle, le laccaire empêcher de fait le déclenchement des défenses de la plante ; pas de rejet possible, la plante est sous contrôle. Nous n'assistions plus à l'établissement d'une relation amicale, mais plutôt à un coup d'Êtat. Les champignons mycorhiziens, comme le laccaire, ont probablement développé au cours de smillions d'années passées, des moyens de manipuler leur ple hôte efficacement afin de ne pas être rejetés des racines colonisées et d'assurer ainsi un modus vivendi permettant l'établissement de la symbiose. Force est de constater que la frontière entre champignons symbiotiques et champignons parasites est ténue. Elle est artificiellement maintenue par les scientifiques, qui affectionnent tout particulièrement de classer les organismes dans des catégories bien trop tranchées.

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Usages traditionnels :

Donné comme comestible par la plupart des ouvrages sur les champignons, sans plus de précisions.

Symbolisme :

Lucie Vincenot autrice d'une thèse de doctorat intitulée Du Basidomycète, multi-échelles des populations (Université Montpellier II, 2009) signale le caractère de pionnier de ce champignon mignon qui en fait une sorte d'aventurier du paysage :

Les mycorhizes de Laccaria sp. sont abondantes à différents stades de la succession forestière, et leur écologie permet de signer les étapes du cycle sylvigénétique. En effet, certaines espèces sont considérées comme pionnières, car leurs carpophores sont souvent trouvés sur des sites perturbés et dans des forêts jeunes, mais pas ou peu dans des forêts matures. Laccaria bicolor est par exemple considéré comme une espèce ectomycorhizienne pionnière, liée à l’établissement des premiers stades forestiers (de la Bastide et al. 1994 ; Baar et al. 1994 ; Selosse et al. 1998, 1999).

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